超級細菌的暴發困擾著英國劍橋市新生兒特殊護理病房的醫護人員。在基因測序的幫助下，去年以來持續數月的困境終于結束了。刊登在近期出版的《柳葉刀—傳染病》上的一份研究報告稱，科學家首次測序了病原體基因，以便積極控制進行中的超級細菌暴發。

英國劍橋大學的臨床微生物學家Sharon Peacock及其同事被卷入了這場超級細菌暴發的困境中。當時，幾天內，當地的羅西醫院嬰兒24小時特別監護室中的三個嬰兒的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）測試相繼呈陽性。

從這三個嬰兒身上分離出的細菌對一類抗生素表現出耐藥性，研究人員表示，這指向一個公共細菌源。病房被徹底地清掃干凈，醫護人員希望超級細菌噩夢能夠就此結束。

不過，出于科學家的好奇心，Peacock研究小組繼續調查了這三個病例是否與之前的半年里羅西醫院出現的一系列MRSA感染有聯系。

實驗室測試結果顯示，那時至少還有另外8名兒童感染了相似耐藥性的MRSA菌株。但是，有數周沒有出現感染病例，這又顯示超級細菌的感染并不是簡單地從該病房的嬰兒傳染到嬰兒。

為了將一連串事件串聯起來，Peacock研究小組開始對取自該醫院的這種MRSA菌株以及收集自其他醫院的成年患者的相似的菌株的基因進行測序。基因組測序結果顯示，嬰兒病房的菌株與其他疑似病例的菌株相吻合。

不過，羅西醫院的細菌暴發并沒有結束。該病房殺菌數天后，又有一個嬰兒的MRSA檢測結果呈陽性。

不斷的MRSA傳染，讓Peacock和羅西醫院流行病學家們如臨大敵。確定暴發菌株基因序列后，他們開始從嬰兒病房的154個工作人員中尋找暴發的菌株。其中一人的相關檢測結果呈陽性，盡管還沒有出現任何癥狀。

“我們將會將這個人隔離出感染鏈，以便有效地預防持續暴發。” Peacock說。

進一步的監查還在這些成年人之中發現了另外的傳染病，這些人還包括從自己孩子身上接觸過MRSA的父母。一共有14個患者——6個嬰兒和8個成人——出現嚴重感染，亟須治療。最后一個確診案例發生在大暴發一年之后，病人是一位父親，他從配偶那里接觸了MRSA。值得慶幸的是，沒有人死亡。

這里，基因測序提供了明晰的線索，這是其他方法難以做到的，該論文的合作者、英國維康信托基金會桑格研究所微生物學家Julian Parkhill表示。

基因測序能夠揭示細菌暴發過程中發生的一系列小規模的基因突變，幫助流行病學家編寫一個進化樹，并追蹤暴發的源頭。進化分析顯示，這名受感染的雇員很可能是從該病房的一個患病嬰兒那里感染了MRSA。