美科學(xué)家開發(fā)出多能細(xì)胞系計(jì)分卡
日期:2011-03-03 16:49:21
在這項(xiàng)研究中,馬薩諸塞州劍橋市哈佛大學(xué)的Christoph Bock和同事對(duì)20個(gè)已經(jīng)建立的人類ESC系以及12個(gè)iPSC系進(jìn)行了全基因組的DNA甲基化繪圖,以及基于微陣列的基因圖譜表達(dá)。就像預(yù)期的那樣,不同ESC系的遺傳和轉(zhuǎn)錄狀態(tài)具有很高的相似性,并且研究人員利用ESC數(shù)據(jù)計(jì)算出了一條“參考通路”,從而作為對(duì)一個(gè)多能細(xì)胞系中的每個(gè)基因的預(yù)期基因表達(dá)和DNA甲基化水平的一種測(cè)量方法。他們隨后開始考慮iPSC與ESC到底有多類似。研究人員發(fā)現(xiàn),許多iPSC系的基因表達(dá)和甲基化屬于在ESC系中觀測(cè)到的偏差,但總的來(lái)說(shuō),兩種細(xì)胞系之間的差異多于每種細(xì)胞系之中的差異。
多能細(xì)胞系之間的差異具有功能上的意義嗎?與之前的研究一樣,Bock等人發(fā)現(xiàn),在ESC或iPSC中,基因中的細(xì)胞系特定DNA甲基化差異,以及細(xì)胞特性的作用,能夠改變細(xì)胞的分化潛能。
為了使之成為一個(gè)能夠穩(wěn)定評(píng)估新細(xì)胞系有效性的系統(tǒng),研究人員開發(fā)出了一種兩步法。第一步,通過一種“差異計(jì)分卡”——記錄基因的表達(dá)和DNA甲基化水平與參考面板進(jìn)行比較時(shí)的異常值——對(duì)一個(gè)細(xì)胞系進(jìn)行評(píng)估。第二步,對(duì)細(xì)胞系進(jìn)行一種非定向的分化試驗(yàn),并且細(xì)胞分化成多種細(xì)胞系的傾向也被加以計(jì)算。這些結(jié)果被用來(lái)與一個(gè)“世系計(jì)分卡”——已通過20種對(duì)照ESC系進(jìn)行了校準(zhǔn)——進(jìn)行了比較。研究人員指出,這一評(píng)分系統(tǒng)提供了細(xì)胞系質(zhì)量和效用的信息,并且適合擴(kuò)展到對(duì)大量細(xì)胞系的篩選工作。研究人員在最近出版的《細(xì)胞》雜志上報(bào)告了這一研究成果。
研究人員表示,這項(xiàng)研究代表了用系統(tǒng)方法進(jìn)行干細(xì)胞評(píng)估的一個(gè)進(jìn)步,并且能夠被用來(lái)評(píng)估產(chǎn)生iPSC的新方法,或者旨在下游應(yīng)用的細(xì)胞的適合性。






