細胞生長和增殖的誤調節可導致各種疾病，包括癌癥。最近，有研究顯示，對細胞控制起決定作用的兩種蛋白Bcl-2和NAF-1，可影響細胞增殖。

目前，美國萊斯大學理論生物物理中心（CTBP）的生物物理學家，利用多種技術，對于NAF-1和Bcl-2的相互作用界面，做了詳細的描述，對于兩種關鍵蛋白的實驗和計算機分析，揭示了一個以前未知的結合界面，可通過藥物治療解決。這些新的見解，可對研究癌癥和衰老相關疾病的研究人員產生很大影響。相關研究結果發表在2014年3月份的《PNAS》雜志。

Bcl-2蛋白，以其在細胞程序性死亡中的作用而聞名；NAF-1蛋白，是結合毒性鐵硫簇（iron sulfur cluster）的NEET家族成員。這兩種蛋白之間的互動，現在被稱為是自噬和細胞凋亡的一個決定因素。

蛋白質的凹槽和折疊，可結合細胞內信號轉導通路中的其它分子和催化作用。Onuchic指出，若能阻斷一個特定結合位點或增強想要的相互作用，對于藥物設計將非常關鍵。

Onuchic說：“在我們早期的工作中，我們已經表明，NEET蛋白和癌癥之間存在關聯，它們的移動控制了鐵硫簇，詳情閱讀：PNAS揪出癌癥增殖的“頭號嫌疑犯”。現在我們可以在分子水平上了解這些互動是如何被控制的。已有研究表明，NAF-1在癌細胞中的表達上調，因此我們認為，癌癥可能控制了這個蛋白的表達。這會影響細胞的制衡系統。了解NAF-1可為我們如何開發新療法提供更好的想法。”

研究人員發現，NAF-1可結合到Bcl-2蛋白的兩個特定區域，Bcl-2可結合到NAF-1β帽和鐵硫簇結合結構域之間形成的凹槽；在簇結合結構域和β帽結構域頂部的感興趣接觸區之間，存在最強的耦合。Onuchic稱，由于鐵硫簇是參與NAF-1活性的功能實體，那么，這些結果清楚地表明，Bcl-2和NAF-1之間的相互作用可影響其活性。

研究小組使用了一種獨特的實驗和理論相結合的方法，包括利用Bcl-2到NAF-1片段的肽陣列結合研究；研究人員利用對氫/氘交換敏感的分光儀，進行了集群轉移研究和其它全長蛋白質相互作用的功能性研究。他們將其數據與CTAP創建的計算機處理（稱為直接耦合分析，DCA）過程相結合，研究人員因而可以通過這些蛋白質的基因組根，預測蛋白質之間的相互作用。

化學和生物化學教授Patricia Jennings是本文的共同第一作者，她稱：“這三種技術中的每一種，不僅證實了其他方法所得到的結果，還提供了獨特的見解。”

Jennings稱，聯合技術適用于一般的生物分子相互作用。“DCA可以幫助我們有效地過濾大量數據，不需要高分辨率的結構研究。肽陣列對于結合高親合力的片段定位是很強大的，氫/氘交換研究可使我們監測完整蛋白質的某些部位，這些部位通過結構研究不能看到，并且不適用于DCA分析。總之，這些技術提供了一種精致的協同作用。”