《Nature Methods》雜志將2012年度技術授予了定向蛋白質組學（targeted proteomics）。同時，雜志還介紹了2013年值得關注的技術，包括納米孔測序儀（Disruptive nanopores）、微生物組功能研究（Probing microbiome function）、近紅外探針（Near-infrared probes）、干細胞體外微環境（In vitro niches）等等。

大約幾年前，人們開始爭相對直接取自環境的微生物進行大規模測序。隨著每個棲息地的宏基因組序列蜂擁而至，微生物生態學的新陣地在哪里？《Nature Methods》雜志認為，分子圖譜分析技術與DNA測序互補，有望帶我們深入了解看不見的生物群落的功能。

微生物的大規模測序在這兩年相當熱門，目前已有多項成果發表。今年6月，Nature、Science和Cell三大頂級期刊都公布了人類微生物組計劃的最新成果。同時，腸道、陰道以及鼻竇的微生物組研究成果也頻頻見報。不過，到目前為止，大部分工作都集中在系統發育標記的測序，以鑒定樣品中微生物的數量和類型。但這些微生物究竟干了什么呢？它們的功能何在？

鳥槍法DNA測序和越來越多的參考基因組有助于我們揭開它們的功能。盡管如此，這一信息只能概述潛在的代謝功能。另一方面，RNA測序、蛋白和代謝物圖譜分析方法能夠定位哪些通路是激活的。它們有助于新穎的生化探索，并深入了解環境與微生物的互作。

將轉錄本和蛋白表達等互補數據相結合，可帶來更好的準確性，從而支持結論。整合需要匯集不同的專業知識，也可能需要新的工具。從傳統生態學和系統生物學演化而來的網絡建模（Network modeling）是一種很有前途的方法，有望在微生物生態學中大顯身手。

雜志認為，除了大規模的測序研究，未來將看到更多定向研究，它們從各種方法中獲得更豐富的數據，讓這成為有趣的方法開發領域。也許您需要決定是走得更深，還是走得更寬。不過最終，微生物將回到實驗室，通過高通量培養方法和人工無菌的環境（如悉生小鼠）來開展深入的功能研究。