來(lái)自耶魯大學(xué)等處的研究人員對(duì)兩種重要的模式動(dòng)物：秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)（Caenorhabditis elegans）和黑腹果蠅（Drosophila melanogaster）進(jìn)行了系統(tǒng)分析，從而獲得了詳細(xì)的相應(yīng)基因表達(dá)的數(shù)據(jù)。這一研究屬于modENCODE計(jì)劃，研究成果公布在Science雜志上。

2003年美國(guó)啟動(dòng)了ENCODE計(jì)劃(ENCyclopedia Of DNA Elements)，主要目的是建立人類(lèi)基因組中生物功能關(guān)鍵性元素目錄。2007年美國(guó)國(guó)家人類(lèi)基因組研究協(xié)會(huì)（NHGRI）又撥款5千7百萬(wàn)美元，資助建立在ENCODE計(jì)劃基礎(chǔ)上的modENCODE計(jì)劃，即model organism ENCODE (modENCODE) Project——模式動(dòng)物“生命百科全書(shū)”項(xiàng)目。

ENCODE計(jì)劃主要目的是希望能將包括物種的描述、圖片、分布地圖、視頻、聲音以及該物種的基因組和所有發(fā)表的相關(guān)科學(xué)論文的鏈接等等。目前雖然基因組測(cè)序研究逐漸深入，但是對(duì)于基因組如何指導(dǎo)細(xì)胞生長(zhǎng)和組織發(fā)育這一流程中存在的各種機(jī)制，科學(xué)家們了解的還不多。而這項(xiàng)計(jì)劃就是希望能在這方面獲得突破。

在最新公布的這項(xiàng)成果中，研究人員對(duì)線(xiàn)蟲(chóng)和果蠅轉(zhuǎn)錄模式，以及基因表達(dá)等方面進(jìn)行了分析和數(shù)據(jù)收集，由于這兩種重要的模式動(dòng)物擁有許多與人類(lèi)相似的基因組，因此這一研究意義重大，有助于了解人類(lèi)生理機(jī)能，及疾病發(fā)生等方面。

研究人員首先收集了在線(xiàn)蟲(chóng)整個(gè)發(fā)育過(guò)程中，基因組中237個(gè)與該生物基因結(jié)構(gòu)、RNA表達(dá)及染色質(zhì)調(diào)節(jié)等有關(guān)的數(shù)據(jù)。然后對(duì)那些數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析，從而獲得了一個(gè)更為完整和精確描述個(gè)體基因以及它們的轉(zhuǎn)錄和表達(dá)的模型。

同時(shí)，這一研究也分析了超過(guò)700個(gè)的有關(guān)果蠅基因表達(dá)的詳細(xì)情況的數(shù)據(jù)庫(kù)。研究人員分析了這些果蠅基因組的機(jī)體與功能之間的聯(lián)系。研究人員表示，這一研究結(jié)果有助于人們更為精確的預(yù)測(cè)基因功能、組織和發(fā)育階段調(diào)節(jié)因子及基因表達(dá)水平。

這兩項(xiàng)研究第一次發(fā)現(xiàn)了線(xiàn)蟲(chóng)和果蠅基因組的高占據(jù)標(biāo)靶區(qū)域（或稱(chēng)HOT區(qū)域）。在這些區(qū)域中，DNA結(jié)合了超過(guò)15種不同的轉(zhuǎn)錄因子。這些不僅為我們提供這兩個(gè)關(guān)鍵模式生物的功能信息，而且也能幫助我們解決人類(lèi)的相關(guān)問(wèn)題。

modENCODE計(jì)劃10個(gè)項(xiàng)目及資助：

Susan Celniker，Lawrence Berkeley國(guó)立實(shí)驗(yàn)室，
第一年360萬(wàn)美元，總資金1450萬(wàn)美元，
“Comprehensive Characterization of the Drosophila Transcriptome”

Steven Henikoff，F(xiàn)red Hutchinson癌癥研究中心，
第一年42.9萬(wàn)美元，總資金共740萬(wàn)美元，
“Genome-Wide Profiling of Histone Variants in Drosophila and Caenorhabditis”

Gary Karpen，Lawrence Berkeley國(guó)立實(shí)驗(yàn)室，
第一年180萬(wàn)美元，總資金共720萬(wàn)美元，
“Genome-Wide Mapping of Chromosomal Proteins in Drosophila”

Eric Lai，Memorial Sloan-Kettering Cancer Center，
第一年47萬(wàn)美元，總資金共190萬(wàn)美元，
“Annotation of the Small RNA/microRNA Component in the Drosophila Genome“

Jason Lieb，北卡羅萊納州大學(xué)Chapel Hill分校，
第一年180萬(wàn)美元，總資金共910萬(wàn)美元，
“Identification of DNA Elements Governing Chromatin Function in C. elegans”

David MacAlpine，杜克大學(xué)，
第一年46.9萬(wàn)美元，總資金共190萬(wàn)美元，
“The Systematic Identification and Analysis of Replication Origins in Drosophila”

Fabio Piano，紐約大學(xué)，
第一年39.7萬(wàn)美元，總資金共160萬(wàn)美元，
“Encyclopedia of C. elegans 3’UTRs and Their Regulatory Elements”

Michael Snyder，耶魯大學(xué)，
第一年170萬(wàn)美元，總資金共660萬(wàn)美元，
“Global Identification of Transcription Factor Binding Sites in C. elegans”

Robert Waterston，華盛頓大學(xué)，
第一年140萬(wàn)美元，總資金共540萬(wàn)美元，
“Global Identification of Transcribed Elements in the C. elegans Genome”

Kevin White，芝加哥大學(xué)，
第一年230萬(wàn)美元，總資金共910萬(wàn)美元，
“A Cis Regulatory Map of the Drosophila Genome”